火红中可捕捉的口袋妖怪覆盖关都地区全图鉴，包含初始御三家、常规野生宝可梦、稀有进化型、神兽及限量宝可梦，分布于森林、洞穴、水域、岛屿、狩猎区等场景，可通过野外遭遇、道具兑换、化石复活、通信进化、生蛋孵化等方法获取。初始御三家妙蛙种子、小火龙、杰尼龟可在真新镇初始选择，也能在常磐森林、华蓝市左侧草地、枯叶市水域分别捕捉，前期组合绿毛虫、波波、小拉达等过渡宝可梦，绿毛虫进化巴大蝶可掌握睡眠粉、麻痹粉等控制技能，波波进化比雕具备高速飞行能力，小拉达进化拉达擅长速攻，是前期开荒的核心战力。常磐森林可捕捉皮卡丘、独角虫、铁壳昆、绿毛虫等，无人发电厂能遇到雷电球、顽皮弹、皮卡丘，雷电球进化顽皮弹可进修十万伏特，是电系主力；月见山可捕捉皮皮、腕力、小拳石，皮皮运用月之石进化皮可西，腕力进化豪力再通信进化怪力，小拳石进化隆隆石再通信进化隆隆岩，岩石和格斗系宝可梦可克制前期道馆。

水系宝可梦主要分布在枯叶市、红莲岛、双子岛等水域，低级钓竿可钓鲤鱼王、角金鱼，中级钓竿能钓墨海马、海星星，顶级钓竿可钓暴鲤龙、刺海马、宝石海星，鲤鱼王20级进化暴鲤龙，海星星运用水之石进化宝石海星，是水系核心输出；狩猎区可捕捉迷你龙、飞天螳螂、肯泰罗、袋兽，迷你龙需在彩虹市游戏中心用2800硬币兑换，进化哈克龙再进化快龙，龙系宝可梦实力强劲，飞天螳螂可进化巨钳螳螂，具备虫系和钢系双重抗性。幽灵塔可捕捉鬼斯、鬼斯通，鬼斯通通信进化耿鬼，幽灵系宝可梦克制超能系道馆；红莲岛精灵小屋可遇到鸭嘴火龙、烈焰马，火系宝可梦可补充队伍输出；冠军之路能捕捉火爆猴、大岩蛇、由基拉，由基拉进化沙基拉再进化班吉拉，岩石和恶系宝可梦实力顶尖，是后期强力战力。

神兽宝可梦需在二周目解开场景捕捉，火焰鸟位于1号岛灯火山山顶洞穴，急冻鸟在双子岛最深处，闪电鸟在无人发电厂深处，三圣鸟等级均为50级，捕捉前需准备大量顶级球、时刻球，组合催眠、麻痹等控制技能提高成功率；超梦位于华蓝市上方洞穴深处，等级70级，是游戏中绝顶宝可梦其中一个，需携带具备高防御和控制能力的宝可梦，消耗其血量后捕捉；三圣兽雷公、炎帝、水君会在关都地区随机游走，初始选择杰尼龟可遇到雷公，选择妙蛙种子可遇到炎帝，选择小火龙可遇到水君，游走宝可梦需在草丛反复遭遇，提议携带黑色sludge、先制之爪等道具，组合高速宝可梦防止逃跑。

限量宝可梦和进化型需独特方法获取，火红版专有电击怪可通过电击兽和百变怪生蛋获取，秀丽花可通过臭臭花运用太阳石进化，化石翼龙、菊石兽、化石盔可通过月见山化石在红莲岛实验室复活；吉利蛋亲密度满后进化快乐蛋，凯西进化勇吉拉再通信进化胡地，腕力进化豪力再通信进化怪力，小拳石进化隆隆石再通信进化隆隆岩，鬼斯通通信进化耿鬼，勇吉拉通信进化胡地，这些通信进化宝可梦需和其他玩家交换完成进化，生蛋体系可孵化出低等级宝可梦，组合不变之石可遗传特定性格，提高宝可梦培养价格。