口袋妖怪火红里的小树可以被砍断，但不能依靠普通对战技能实现，必须借助秘传机HM01居合斩才能够清除这类地图障碍物。地图上能够被砍伐的小树有着固定外观，和场景里普通大树、灌木有明显区分，靠近可砍伐小树互动时，游戏会弹出提示文字，以此区分不可破坏的场景植被，普通攻击、各类战斗招式都无法对这类小树产生任何破坏效果，很多新人会误以为对战打出居合斩就能清除树木，实际上对战释放招式仅能造成伤害，不会改变地图环境。

想要获取居合斩秘传机，需要推进到圣安奴号游轮的相关剧情，先要完成华蓝市右侧25号道路正辉的任务，拿到登船船票之后前往枯叶市码头登上游轮，在船舱内部击败沿途训练家，遭遇劲敌之后进入船长室，帮助晕船的船长之后就能获取HM01居合斩。秘传机可以无限次重复运用，道具不会消耗丢弃，但宝可梦学会秘传招式之后，正常方法无法遗忘，需要前往技能遗忘老人处才能够清除该招式，选择进修居合斩的宝可梦需要慎重考量，优先选择队伍内不参和主力对战的工具宝可梦，避免占用真贵的技能栏位。

仅仅让宝可梦学会居合斩依旧无法在地图砍伐小树，还需要拿到华蓝市水系道馆的蓝色徽章，解开秘传技的地图运用权限，缺少对应徽章时，居合斩只能在战斗当中作为威力50的普通系物理招式运用，站在小树旁边也不会触发砍伐交互选项。满足全部条件之后，携带掌握居合斩的宝可梦走到小树旁边按下确认按键，就会弹出是否砍伐树木的对话框，确认之后小树直接消失，开辟出新的通行路线，一旦离开当前地图场景，被砍掉的小树就会从头刷新复原，不会永久消失，再次进入该区域还需要从头砍伐。

砍伐小树不只是推进主线剧情的手段，大量隐藏道路、稀有道具、支线NPC都被小树阻隔。枯叶市电系道馆正门就被小树挡住，不少玩家拿到居合斩却没有解开徽章，卡在道馆门口无法进入挑战；部分道路的侧支路、房屋庭院，只有砍断小树之后才可以进入，里面藏有技能机器、恢复道具，还有额外的训练家对战可以用来刷取经验。部分高价格道具藏在树木后方，不砍伐小树就会直接有失，通关之后回头寻觅地图，也要留意地图各处的可砍伐小树，尽也许把全部隐藏区域全部寻觅完毕。另外居合斩除了砍树之外，还可以清除部分高草丛，减少野外遭遇野生宝可梦的概率，提高跑图的效率。